“十二五”以来，安徽大学以“211工程”建设为主线，充分发挥“2011计划”引领、汇聚作用，深入实施“学科引领工程”，推进高水平大学建设。
优化学科结构,支撑学校建设。坚持“优化结构、分层建设、分类引导、重点突破”的学科建设方针，巩固加强基础学科，重点建设优势学科，扶持发展特色学科，加快发展应用学科，积极培育新型交叉学科，不断优化学科结构和布局。现已形成人文、社会、生态、信息等优势学科群，培育出了地质地理、电气自动化和健康医学等一批新的学科增长点。坚持以国家、区域发展需求为导向，瞄准产业结构转型升级和战略性新兴产业发展新需求，推动校内、校际等协同创新，不断提升科研水平和服务社会发展能力。
提升科研水平，推动协同创新。从国家级两淮大型煤炭基地建设的需求出发，联合淮南矿业集团、淮北矿业集团等单位共同组建“矿区生态环境与湿地生态安全协同创新中心”。充分整合生态学、环境科学与工程、地质学等五个学科资源，承担国家重大科技专项等一批省部级以上科研项目，取得巨大经济效益和社会效益。发挥综合性学科优势，组建了一批跨学科协同创新中心，开展联合攻关，推出具有重大价值的科研成果。目前，学校共建有2个省级、10个校级协同创新中心，与清华大学等高校共建1个协同创新中心。在强化校内协同的基础上，探索建立校校协同、校所协同、校企协同、校地协同的有效机制和模式，面向国家和区域重大需求，联合开展重大科研项目攻关，不断提升科研创新能力。
着力人才培养，提升服务水平。注重学科建设对人才培养的支撑作用。学校博士后科研流动站已基本覆盖学校现有的一级学科博士点，博士、硕士授权点结构不断优化，涵盖十个学科门类，已建成符合国家及区域发展需求的人才培养体系。基础学科拔尖人才、工科和应用学科卓越人才、高素质复合型人才等培养计划顺利实施，多种形式的联合培养工作有效开展，形成了文理相融、理工互通、主辅修结合、校内外培养互补的协同育人新机制，培养了一大批服务创新型国家建设的高素质人才，毕业生质量得到社会的广泛认可。